Prácticas de R y Bioconductor


Intención de las prácticas

La idea es empezar por una introducción muy básica a R, para los que no tienen experiencia alguna. Idealmente iremos progresando hasta llegar a hacer cosas más avanzadas como análisis de transcriptomas usando R y Bioconductor

    R

    Instalando R y Bioconductor

  1. Introducción a R

  2. Introducción a R - parte 2


    3. Microarreglos

  3. Análisis de microarreglos Affymetrix

  4. Microarreglos: expresión diferencial y anotación


    5. Secuenciación

  5. Manipulación de secuencias con R y Biostrings

  6. Procesamiento de archivos crudos de secuenciación (FASTQ de un RNA-Seq)

    7.       Versión avanzada: FASTQ de un sRNA-Seq

  7. Alineamiento de secuencias cortas con Bowtie

    8.       Versión avanzada: Bowtie del sRNA-Seq

  8. Anotación genómica de los resultados del alineamiento

    9.       Versión avanzada: Anotación del sRNA-Seq

          Variante: Anotación del sRNA-Seq con alineamiento en SAM/BAM

  9. Expresión diferencial para datos de secuenciación



Cei Abreu (cei{at}langebio{dot}cinvestav{dot}mx)

Ligas útiles

R & BioConductor
Linux/Unix
Sequencing