Instalando R y Bioconductor

Acerca de R y Bioconductor

R es un ambiente de software libre para hacer cómputo estadístico. R es totalmente gratuito y está disponible para Windows, Mac y Linux.

Bioconductor es tan sólo una serie de paquetes para hacer varios tipos de análisis de relevancia biológica dentro de R.

Información y una lista de las preguntas más frecuentes acerca de R para las diferentes plataformas se encuentra en las siguientes ligas:

• R para Windows
• R para Mac
• R en general

Des-instalando R en Windows y Mac

Si ya tienen instalado una versión de R que no es la más reciente, yo les recomendaría eliminarla antes de instalar una nueva versión. A continuación una descripción muy breve de cómo hacerlo. Para más detalles ver las ligas arriba mencionadas.

Windows

Entrar al Panel de Control y elegir "Add/Remove Programs" (Windows XP) o "Programs and Features" (Windows Vista/7), localizar R y desinstalarlo. Una alternativa es buscar la carpeta de R dentro de los programas que aparecen en el menu de inicio (Start Menu). Ahí deberá venir un ícono para desinstalar.

Mac OS X

Abrir una Terminal (Applications / Utilities / Terminal) y en ella teclear:
sudo rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app /Applications/R64.app

Instalando R

Entren a la siguiente página y elijan uno de los servidores (el que sea, el de México no siempre es el más rápido)

En la sección de "Download and Install R", entren a la liga de Linux, MacOS X o Windows según sea el caso.

Windows

Entren a la liga base y bajen e instalen la primera liga: Download R #.##.# for Windows

Mac OS X

En la sección de Files:, bajen e instalen el archivo R-#.##.#.pkg

Linux

Elijan la distribución que tengan y sigan las instrucciones... suerte! ;o)
Nota: asegúrense de instalar el paquete r-base-dev

Instalando Bioconductor

Primero asegúrense de tener la versión más reciente de R. Arránquen R y deberá aparecer algo así:

R version 2.15.1 (2012-06-22) -- "Roasted Marshmallows"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
...

Si es la versión correcta?

Las instrucciones completas para instalar Bioconductor se encuentran aquí:

Lo único que necesitan hacer es teclear lo siguiente dentro de la ventana de R:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

Esto puede tardar algo de tiempo, dependiendo de la velocidad de su conexión al internet. Si todo termina bien, la próxima vez que entren a R, podrán teclear:

y saldrá algo por el estilo:

Welcome to Bioconductor

  Vignettes contain introductory material. To view, type
  'openVignette()'. To cite Bioconductor, see
  'citation("Biobase")' and for packages 'citation(pkgname)'.

Felicidades! Ya estan listos para usar R y Bioconductor... bueno, casi.

Instalando paquetes adicionales de Bioconductor

La función biocLite() por default solamente instala los paquetes básicos de Bioconductor. Para muchos tipos de análisis, se requiere de otros paquetes. Para poder instalarlos tenemos que cargar la función biocLite y usarla para instalar cualquier paquete, usando el nombre del paquete. Para instalar todos los paquetes que vamos a usar, pongan las siguientes instrucciones:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# para microarreglos:
biocLite("mouse4302cdf")
# para secuenciación:
biocLite(c("ShortRead","rtracklayer","gplots","edgeR","Rsamtools","R.utils","Biostrings","biomaRt","GenomicRanges"))

Información adicional

Las instrucciones completas para instalar Bioconductor se encuentran disponibles aquí: