En un proyecto se decide usar BLAST para comparar todas las proteínas de E. coli contra todas las proteínas de E. coli. Esto con la finalidad de encontrar grupos de genes duplicados o parálogos. Para ello se utilizó un archivo en formato FASTA (E_coli_K12.faa) para construir la base de datos requerida por blastp. El resultado de la corrida de blastp se encuentra en este archivo: eco_vs_eco.tab
Las siguientes preguntas las pueden contestar usando Linux, R, o una combinación de ambos. Lo más importante es tratar de contestar todas antes de explorar soluciones alternativas a una en particular, sin embargo, si tienen tiempo suficiente pueden reportar más de una solución para alguna(s) pregunta(s) y será contado a su favor.
En todos los casos deberán incluir en un archivo de texto simple, el número de la pregunta, el código exacto (reproducible) con el cual solucionaron la pregunta y la respuesta a la que llegaron. Pueden escribir comentarios adicionales de por qué eligieron esa estrategia o cómo comprobaron que su resultado era el correcto. Es importante también indicar si el código que escriben es para Linux o para R.