REDBIO México 2010

Folio: 522
Tipo de presentación: Oral
Tema: Transcript—mica
Este trabajo se presentará en "Presentaciones Libres 14: îmicas" el Miercoles dentro del horario 16:40 a 18:40

An‡lisis de transcritomas por agrupamiento de genes y teor’a de la informaci—n

"Luis Fernando Garc’a Ortega (1)*, Humberto Reyes ValdŽs (2) Octavio Mart’nez de la Vega (1)
1 Laboratorio Nacional de Gen—mica para la Biodiversidad (Langebio), Cinvestav, Campus Guanajuato, C.P. 36500 Irapuato, Guanajuato, MŽxico; 2 Departamento de Fitomejoramiento, Universidad Aut—noma Agraria Antonio Narro, Buenavista, C.P. 25315 Saltillo, Coahuila, MŽxico"

RESUMEN (ABSTRACT)
"El transcritoma puede considerarse como el conjunto de todos los transcritos presentes en una cŽlula, tejido u —rgano, bajo condiciones espec’ficas y en un estado definido de desarrollo. Se caracteriza por su distribuci—n, es decir la lista de genes del organismo y sus frecuencias de transcripci—n, siendo su estudio o an‡lisis frecuentemente complejo, dada la cantidad de elementos presentes (genes transcritos), as’ como, la variabilidad entre sus distribuciones. El objetivo de este trabajo es dise–ar y probar un mŽtodo de estudio del transcritoma que simplifique su an‡lisis y permita obtener conocimiento nuevo y biol—gicamente relevante. Para ello se propone agrupar los datos de los transcritomas reuniendo los genes por distintas clasificaciones disponibles (TAIR, GO slim), como por ejemplo: ruta metab—lica, proceso biol—gico, funci—n molecular y lugar celular. La pŽrdida de informaci—n que ocurre por Žste agrupamiento se ve compensada por una ganancia en la facilidad de interpretaci—n, as’ como, en un aumento de la potencia estad’stica de las pruebas de hip—tesis. Adem‡s, se hace uso del concepto de entrop’a de Shannon (Teor’a de la Informaci—n) para obtener propiedades del transcritoma (Diversidad y Especializaci—n) que facilitan la interpretaci—n de los cambios en el transcritoma bajo distintas condiciones dadas. Estos conceptos se ejemplifican con el an‡lisis preliminar de un conjunto de datos SAGE para Arabidopsis thaliana bajo estrŽs por fr’o en tejido de hoja a diferentes tiempos de estrŽs (0 y 30 minutos, 2 horas, 2 d’as y una semana). Nuestros resultados preliminares muestran concordancia con reportes previos (por ejemplo: la importancia de la degradaci—n del almid—n durante la aclimataci—n al fr’o), mostrando lo promisorio de nuestra estrategia de an‡lisis."


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