REDBIO México 2010

Folio: 511
Tipo de presentación: Cartel
Tema: Transcriptómica

Aplicaciones de la genómica funcional en el descubrimiento e identificación de nuevos genes asociados a la senescencia (SAGs) en girasol mediante el uso de una micromatriz de oligonucleótidos

Fernández * (1), Moschen (1), Di Rienzo (2), Príncipi (3), Soria (4), Dosio (5), Aguirrezábal (5), Paniego (1), Heinz (1).
* Autor para correspondencia (Corresponding author)

RESUMEN (ABSTRACT)
"Las micromatrices de alta densidad representan una herramienta clave para análisis transcripcionales concertados. Este trabajo tiene como objetivo central el diseño de una micromatriz de alta densidad para el girasol cultivado que represente todas las secuencias disponibles en GenBank/NCBI incluidas en las bases de datos de ESTs, con el propósito de ser utilizada en estudios de expresión génica en girasol. Este trabajo involucra la limpieza de secuencias contaminantes presentes en los ESTs y secuencias depositadas en bases de datos públicas, el ensamblado de ellos en genes únicos (unigenes) genuinos y y la anotación funcional de los mismos según un vocabulario controlado que pueda asociar la secuencia funcional del EST a una función hipotética determinada. El número de secuencias final ensambladas para incluir en la micromatriz será de 22.000 unigenes, que fueron previamente anotados utilizando Blast2Go y posteriormente mapeados en vías metabólicas a través de KEGG. El presente trabajo contempla asimismo un ensayo de validación de la micromatriz en la cual se estudiarán genes candidatos (SAG) asociados al proceso de senescencia, realizándose en forma colaborativa con el grupo de Fisiología Vegetal de la Unidad Integrada EEA INTA Balcarce-UNMdP y el IB, INTA Castelar. La incorporación de ensayos de micromatrices permitirá evaluar genotipos de tipo “Stay green” frente a genotipos control en condiciones que retardan (decapitado) y/o aceleran (estrés hídrico) la senescencia respecto a plantas control. Paralelamente se identificaron genes de referencia para girasol de expresión estable (_-TUB, actina, PEP y EF-1_) que están siendo utilizados en ensayos de validación por qPCR."