REDBIO México 2010

Folio: 503
Tipo de presentación: Oral
Tema: Transcript—mica
Este trabajo se presentará en "Presentaciones Libres 14: îmicas" el Miercoles dentro del horario 16:40 a 18:40

Cambios en la especializaci—n del transcriptoma de Arabidopsis thaliana bajo condiciones de estrŽs abi—tico

Andrea Rosales Osorio * (1), Octavio Mart’nez de la Vega (1).
* Autor para correspondencia (Corresponding author) arosales@ira.cinvestav.mx

1- Laboratorio de Biolog’a Computacional, Laboratorio Nacional de Gen—mica para la Biodiversidad (LANGEBIO), Cinvestav Irapuato. Km 9.6 Libramiento Norte carretera Irapuato-Le—n, 36821 Irapuato, Guanajuato MŽxico

RESUMEN (ABSTRACT)
El transcriptoma es el conjunto de genes expresados en un —rgano particular, bajo condiciones espec’ficas en un estado de desarrollo y puede caracterizarse por las frecuencias de expresi—n de cada uno de los genes del organismo. El estrŽs puede definirse como una condici—n que reta al estado normal de desarrollo de una planta y puede clasificarse como bi—tico (plagas y enfermedades) o abi—tico (sequ’a, temperaturas extremas, entre otros). Tomando como premisa que durante el estrŽs se enciende un conjunto de genes muy espec’ficos que tienden a combatir o remediar el estado de estrŽs, se plantea la hip—tesis general de que el estrŽs aumenta la especializaci—n del transcriptoma. La especializaci—n del transcriptoma puede estimarse como el promedio de la especificidad de los genes expresados bajo una determinada condici—n y Žsta puede calcularse utilizando coeficientes derivados de la teor’a de la informaci—n de Shannon. Para poner a prueba la hip—tesis se utilizaron datos del transcriptoma de Arabidopsis thaliana por microarreglos en estrŽs por fr’o, salino y osm—tico. Se hicieron an‡lisis preliminares donde se estim— la diversidad y especializaci—n del transcriptoma as’ como la especificidad de los genes utilizando mŽtodos estad’sticos que permitan evaluar la significancia de las diferencias en estos par‡metros. Se realizaron comparaciones en el conjunto de datos, tanto en forma global como por pares (control versus estrŽs), adem‡s se agruparon los genes tanto por su categor’a ontol—gica (proceso biol—gico, funci—n molecular y lugar celular) as’ como por la ruta metab—lica en la cual participan, realizando en cada caso el an‡lisis de diversidad, especializaci—n y especificidad. Estos an‡lisis muestran en general una disminuci—n de la especializaci—n del transcriptoma bajo estrŽs, permitiendo una mejor comprensi—n del fen—meno al discriminar los genes influyentes en el fen—meno y posibilitando una mejor comprensi—n de este.


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